Cytoscape在系统生物学研究领域大放异彩,分析和可视化生物网络。
对于新手来说,使用起来比较难,许多功能用不上,我主要用可视化功能。调研瞄准了一个宝藏软件-NRD Studio,这个在网页上就能使用,很像常见的作图软件,又涵盖了知识图谱的特性,有类似需求的小伙伴可以试一下。
NRD Studio节点关系图谱软件,自动数据可视化,看一个动态高频词示例:https://nrdstudio.cn/app/21b636d9f56fdbaf85cafcb21843e9ab/
上面这个应该是由模板文件自动生成,比如从本地导入Excel、CSV等类型的文件,包含两个部分:节点列表和关系列表。节点颜色是【填充颜色】属性,圆形半径大小也可以配置。
如果从头开始制作图谱,用NRD Studio可视化编辑器很不错,而且也能追加本地导入文件数据,十分方便。
图中右侧是系统预制的主题风格,都能一键切换,省时省力。我们在其基础上再覆盖添加自定义样式,两者并用,效率极高。
然后就是布局方式,默认是力导向布局,会动态变化节点位置,也有比较规则的布局,比如【圈层图】:
线条的弯曲度是由一个叫【曲度】的属性控制,注意必须在两个节点之间只有一条关系时生效,而存在多条关系时,系统会自动接管这个属性控制。
总体来说,NRD Studio的功能基本满足我的需求,看了官方公告,仍在不断更新迭代版本,期待未来有更强大的功能!